Dia diterima bergabung di Fakultas Ekonomi pada 1989-1995.
Saat kuliah di UGM, Anies tetap aktif berorganisasi. Dia bergabung dengan Himpunan Mahasiswa Islam, lalu menjadi salah satu anggota Majelis Penyelamat Organisasi HMI UGM.
Di fakultasnya, Anies berhasil menjabat sebagai Ketua Senat Mahasiswa dan ikut membidangi kelahiran kembali Senat Mahasiswa UGM setelah pembekuan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud) pada waktu itu.
Hal yang membanggakan lagi, dia terpilih menjadi Ketua Senat Universitas pada kongres tahun 1992 dan membuat beberapa gebrakan dalam lembaga kemahasiswaan di UGM.
Anies membentuk Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) sebagai lembaga eksekutif memosisikan senat sebagai lembaga legislatif yang disahkan oleh kongres pada 1993.
Selama masa kepemimpinannya, dia memulai gerakan berbasis riset, sebuah tanggapan atas tereksposnya kasus Badan Penyangga dan Pemasaran Cengkeh (BPPC) yang menyangkut putra Presiden Soeharto, Hutomo Mandala Putra.
Anies turut menginisiasi demonstrasi melawan penerapan Sistem Dana Sosial Berhadiah pada bulan November 1993 di Yogyakarta.
Ketika sedang duduk di bangku kuliah, tepatnya pada 1993, Anies mendapat beasiswa dari JAL Foundation untuk mengikuti kuliah pada musim panas di Sophia University, Tokyo dalam bidang kajian Asia.
