Kedua kakaknya adalah perempuan yang bernama Biantiningsih Miderawati dan Maryani Ekowati.
Prabowo juga memiliki satu adik laki-laki, bernama Hashim Djojohadikusumo.
Setelah kelahiran Prabowo Subianto, tak lama kemudian ayahnya, Soemitro diangkat kembali menjadi Menteri Keuangan pada Kabinet Wilopo.
Prabowo juga merupakan cucu dari Margono Djojohadikusumo, yaitu seorang pendiri Bank Negara Indonesia.
Margono Djojohadikusumo juga pernah menjabat sebagai Ketua Dewan Pertimbangan Agung yang pertama.
Nama Prabowo sendiri merupakan nama yang diambil dari pamannya, Kapten Soebianto Djojohadikusumo,
Ia merupakan seorang perwira Tentara Keamanan Rakyat yang gugur pada Pertempuran Lengkong pada Januari tahun 1964 di Tangerang.
Masa kecil Prabowo dihabiskan di luar negeri, karena saat itu ayahnya terlibat dalam menentang Presiden Soekarno di Pemerintahan Revolusioner RI di Sumatera Barat.
Dikutip dari laman resmi Menhan, Prabowo kecil tercatat pernah menempuh pendidikan setingkat SD di Elementary School di Hongkong.
Kemudian menyelesaikan pendidikan dasar dalam ketika 3 tahun di Victoria Institution, Kuala Lumpur.
Selain itu, Prabowo juga pernah bersekolah di Zurich International School, Zurich, Swiss pada tahun 1963-1964.
